Δύο σπουδαία σπήλαια υπάρχουν στην περιφέρεια του Καρυδίου, με ίχνη ανθρώπινης κατοίκησης, το Κατωφύγι στή θέση Λιμνιόλακκος και ο Περιστεράς στή θέση Πλατύβολο ή Περιστερά.
Όσοι ενδιαφέρονται για τα σπήλαια δεν πρέπει να παραλείψουν να επισκεφθούν το σπήλαιο «Μικρό Κατωφύγι» ΒΔ του χωριού σε υψόμετρο 425 μ. στην περιοχή Μαντηλιού Πλάϊ.
Πελεκιτά. Βρίσκεται βορειοανατολικά του μικρού χωριού Κάτω Ζάκρος. Για να προσεγγίσετε το σπήλαιο χρειάζεται να ταξιδέψετε μία ώρα από την Κάτω Ζάκρο...
Στη θέση «Πατέλια», περί το 1 χιλ. ΒΔ της Σιτάνου, σε υψόμετρο 610 μ. διανοίγεται σε lουρασικό ασβεστόλιθο στο σπήλαιο Όξω Λατσίδι, ένα από τα μεγαλύτερα σπήλαια της Κρήτης...
